Comment va réellement mon intestin ? Cette question est plus présente que jamais, car le microbiome de notre intestin entre de plus en plus dans notre conscience et est désormais tenu pour responsable de nombreux mécanismes dans notre corps. Que nous devenions très âgés ou non dépend de nombreux facteurs sur lesquels nous avons probablement plus d’influence qu’on ne le pensait jusqu’à présent. Les recherches les plus récentes indiquent que la flore intestinale participe de manière déterminante à la durée de notre vie et aux maladies dont nous souffrirons.
Dans cet article, nous te montrons quel est l’état actuel de la recherche sur le microbiome, si les tests du microbiome valent vraiment la peine et quel est le lien entre les acides gras à chaîne courte, comme le butyrate, et la santé.
Qu’est-ce que le microbiome ?
Pour commencer, nous devons clarifier brièvement ce qu’est réellement le microbiome. À strictement parler, nous possédons différents microbiomes. Partout où se trouvent des bactéries, des virus et des champignons, on peut parler d’un microbiome. Ce sont z.B. le tractus gastro-intestinal (en particulier l’intestin), la peau, la bouche, les voies respiratoires et le système urogénital.
Dans cet article, nous nous intéresserons principalement au microbiome intestinal, notre flore intestinale.
Les fonctions du microbiome
Le microbiome humain représente un champ de recherche inépuisable, qui donne lieu chaque jour à de nouvelles découvertes scientifiques. Nous en apprenons davantage sur les habitants de notre flore intestinale, sur l’axe intestin-cerveau et sur la manière dont certaines maladies peuvent éventuellement être traitées via le microbiome. Sans la symbiose entre nos bactéries et notre corps, nous ne pourrions très probablement pas survivre. Le microbiome est z.B. indispensable à l’assimilation de certains nutriments provenant de l’alimentation.Le corps humain, à lui seul, ne dispose pas de tout le spectre d’enzymes nécessaires à la dégradation de chaque nutriment.
Les déchets et l’intestin
Le terme microbiome est utilisé comme synonyme de flore intestinale et désigne l’ensemble des micro-organismes qui colonisent notre intestin. Ce qui est souvent considéré par l’organisme humain uniquement comme un « déchet », comme par exemple les fibres alimentaires, constitue une source de nourriture essentielle pour la flore intestinale. La digestion microbienne de ces substances n’est pas seulement vitale pour les bactéries elles-mêmes, mais aboutit également à la production de métabolites qui sont très bénéfiques pour la santé humaine, dont des acides biliaires secondaires, des vitamines, des dérivés d’acides aminés et des acides gras à chaîne courte.
De plus, il existe une corrélation significative entre le microbiome et le système nerveux entérique – un vaste réseau de neurones qui traverse tout le tractus gastro-intestinal. Celui-ci est souvent décrit comme le « deuxième cerveau » ou comme la manifestation physique de « l’instinct viscéral ».
Le saviez-vous ?
Les édulcorants sont suspectés de jouer un rôle dans la résistance à l’insuline, un précurseur du diabète sucré. À l’origine, on espérait que les édulcorants puissent fournir le goût sucré sans les effets négatifs du sucre. Cependant, cela ne semble pas être le cas. Dans cette étude les chercheurs ont pu montrer que les édulcorants modifient le microbiome et peuvent ainsi contribuer au développement de la maladie.
Recherches sur le microbiome
Le domaine de recherche sur le microbiome est encore relativement jeune. Cela est dû entre autres au fait que de nombreuses bactéries dans notre intestin sont des anaérobies strictes. Cela signifie que lorsqu’elles entrent en contact avec l’oxygène, elles meurent presque immédiatement. Pour contourner ce problème, il existe différentes possibilités que les chercheurs ont imaginées. L’un d’eux est le Human Microbiome Project.
Human Microbiome Project (HMP) – le coup d’envoi de la recherche sur le microbiome
Le Human Microbiome Project (HMP) était une initiative révolutionnaire visant à comprendre les communautés microbiennes complexes qui colonisent le corps humain et à étudier leur rôle dans la santé et la maladie. Lancé en 2007 par les National Institutes of Health (NIH) aux États-Unis, il fut l’un des premiers grands programmes de recherche à aborder de manière systématique le microbiome humain.
Objectifs du Human Microbiome Project
L’objectif principal du HMP était de créer une base de données de référence de la microbiote qui habite différentes parties du corps humain, y compris l’intestin, la bouche, la peau et le tractus urogénital.Grâce à l’utilisation de technologies génomiques de pointe telles que le séquençage de l’ARNr 16S et la métagénomique, le projet visait à répertorier la diversité génétique des communautés microbiennes et à comprendre leurs fonctions, leurs interactions ainsi que leur influence sur la santé humaine.
Informations clés
L’un des principaux résultats du HMP a été la constatation que le microbiome humain présente une diversité immense et constitue une ressource génétique significative, essentielle à la physiologie humaine. Le projet a révélé que les micro-organismes participent à de nombreux processus biologiques importants, notamment :
- Digestion et métabolisme des nutriments
- Développement et fonctionnement du système immunitaire
- Protection contre les micro-organismes pathogènes
- Influence sur la fonction cérébrale et le comportement
De plus, le HMP a montré que les modifications du microbiome sont associées à une grande variété de maladies, notamment les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin, l’obésité, le diabète, les maladies cardiovasculaires et même des troubles psychiatriques tels que la dépression
Le savais-tu ?
La colonisation de la flore intestinale est un processus qui dure toute la vie, qui commence à la naissance et ne se termine qu’à la mort.Dans une étude publiée dans “Nature Metabolism“, la flore intestinale de 9000 personnes âgées de 18 à 101 ans a été comparée. Les chercheurs ont constaté que non seulement l’être humain vieillit, mais aussi le microbiome intestinal. Chez des sujets en bonne santé de plus de 77 ans, on a observé des modifications de la flore intestinale, dans laquelle des espèces bactériennes rares dominaient et le schéma microbiomique habituel diminuait. Chez les sujets moins en bonne santé, cette singularité faisait défaut.
Test du microbiome – quelles sont les possibilités ?
Le HMP a également fait naître le désir de disposer de tests fiables du microbiome. Dans le projet, une séquençage complet du génome, également connu sous le nom de Whole Genome Sequencing (WGS), a été utilisé pour l’analyse du microbiome. L’avantage est que tout est analysé, et c’est précisément aussi l’un des inconvénients. Fidèle au dicton « ne plus voir la forêt à force de regarder les arbres », un WGS peut fournir trop d’informations que nous ne sommes, à l’heure actuelle, pas encore en mesure de classer. Peut-être sera-t-il possible à l’avenir, avec l’aide de l’intelligence artificielle, d’évaluer plus efficacement cette profusion d’informations.
Un autre inconvénient d’un séquençage complet du génome réside dans les coûts élevés, tant sur le plan financier qu’en termes de charge de travail.Il existe cependant aussi d’autres tests du microbiome sur le marché :
Analyse des souches de bactéries
L’analyse des souches de bactéries, souvent réalisée au moyen de séquençage de l’ARNr 16S, se concentre sur l’identification et la quantification de types ou souches bactériennes spécifiques dans un échantillon. Le séquençage du gène ARNr 16S cible une région hautement conservée du génome bactérien, ce qui permet de distinguer différentes souches bactériennes. Imagine le tout comme un code-barres. Chaque bactérie possède un tel code-barres (l’ARNr 16S) et pour chaque espèce bactérienne, ce code-barres varie toujours un peu. Cela permet aux chercheurs de distinguer différentes espèces de bactéries.
Le savais-tu ?
Encore un mot rapide pour expliquer le terme. Les bactéries sont divisées en familles et en souches. La première partie du mot représente le nom de la famille, z.B. Bacillus et la deuxième partie du nom représente la souche, dans ce cas Bacillus subtilis. Même si ce nom fait plutôt penser à un agent pathogène, Bacillus subtilis est extrêmement important pour notre santé. Il a même été élu «microbe de l’année 2023». Tu peux en apprendre davantage sur cette bactérie fascinante dans notre article sur QBIOTIC.
Autres tests du microbiome
En plus de ceux déjà mentionnés, il existe encore quelques autres tests. Sont également répandus la séquençage shotgun du métagénome et la métaprotéomique. Le premier offre, par rapport au séquençage du gène 16S rRNA, l’avantage d’inclure également d’autres organismes, comme les virus ou les champignons. En métaprotéomique, on ne s’intéresse pas à la génétique, mais aux protéines produites. Ce domaine de recherche, également appelé protéomique , est l’un des plus passionnants dans le domaine de la médecine personnalisée et de la longévité. Par rapport à l’épigénétique, où les marqueurs sont mesurés sur l’ADN, la protéomique s’intéresse aux protéines produites. C’est également sur cette base que repose le tout dernier test de MoleQlar, avec lequel tu peux découvrir ton profil moléculaire.En collaboration avec la prestigieuse LMU de Munich, nous t’offrons un aperçu plus approfondi de ton moi moléculaire.
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Ce ne sont pas seulement les gènes
Le domaine de recherche sur le microbiome est hautement complexe et influencé par de nombreux facteurs. Un exemple intéressant est la bactérie Eggerthella lenta (E. lenta) DSM 2243, une bactérie présente dans l’intestin humain. E. lenta présente une interaction intéressante avec le médicament cardiaque digoxine. La digoxine a souvent été utilisée pour traiter certains troubles cardiaques tels que l’insuffisance cardiaque et les arythmies. Elle agit en améliorant l’efficacité du muscle cardiaque et en régulant la fréquence cardiaque.De nos jours, il n’est presque plus utilisé pour le traitement de ces maladies. L’une des raisons en est la difficulté de dosage du médicament. Chez certaines personnes, de très petites quantités de digoxine suffisaient déjà, tandis que d’autres avaient besoin d’une dose beaucoup plus élevée. Une explication possible se cache probablement dans notre intestin.
Comment le microbiome influence les médicaments
Certaines souches de E. lenta sont capables de métaboliser la digoxine et de l’inactiver, ce qui réduit l’efficacité du médicament dans l’organisme. Ce métabolisme microbien est assuré par l’enzyme Cardiac Glycoside Reductase, qui transforme la digoxine en une forme moins active. Et c’est ici qu’un autre facteur entre en jeu, rendant l’ensemble de la relation encore plus complexe. Colleen Cutcliffe, une biologiste moléculaire, a expliqué à ce sujet dans le podcast de Peter Attia qu’il y a une différence selon que E.lenta possède une copie du gène qui code pour l’enzyme, ou cinq gènes. Les personnes qui possèdent une E.lenta forme avec cinq gènes pour l’inactivation de la digoxine semblent réagir nettement moins bien au médicament. Si nous parvenons à en découvrir davantage sur ces interactions à l’avenir, ce sera une nouvelle étape vers une médecine personnalisée.
Comment renforcer le microbiome ?
Après avoir beaucoup appris sur les tests et les bases du microbiome, nous allons maintenant nous pencher sur la question de ce que nous pouvons faire pour développer ou renforcer le microbiome.
Avant d’entrer plus en profondeur dans le sujet, nous devons encore définir quelques termes : si tu veux en savoir plus sur les différents thèmes, il te suffit de cliquer sur le mot et tu accèderas à un article détaillé :
- Probiotiques : Il s’agit de préparations qui z.B.contiennent des bactéries intestinales vivantes. Les probiotiques sont volontiers utilisés pour rendre la flore intestinale à nouveau un peu plus diversifiée, ou pour rétablir l’équilibre entre les bactéries « bénéfiques » et « nocives »
- Prébiotiques : Les prébiotiques sont des substances, le plus souvent des glucides non digestibles tels que l’inuline, les fructo-oligosaccharides (FOS) et les galacto-oligosaccharides (GOS), qui favorisent sélectivement l’activité ou la croissance de micro-organismes bénéfiques pour la santé dans l’intestin. Dans les aliments, tu les trouves sous forme de fibres et elles servent de « nourriture » pour tes bactéries intestinales
Le savais-tu ?
La Deutsche Gesellschaft für Ernährung (DGE) recommande aux adultes un apport quotidien d’au moins 30 grammes de fibres. Ces substances se trouvent exclusivement dans les produits végétaux, z.B.dans les produits complets, les fruits et les légumes. Une teneur élevée en fibres dans l’alimentation garantit que les bactéries de l’intestin reçoivent suffisamment de nourriture. Cependant, la plupart des gens consomment moins que les 30 grammes recommandés par jour.
- Symbiotiques : Les symbiotiques sont des produits ou des compléments alimentaires qui associent des probiotiques et des prébiotiques . L’idée est que les prébiotiques servent de source de nutriments pour les micro-organismes vivants apportés par les probiotiques, ce qui peut améliorer leur survie, leur implantation et leur efficacité dans le tractus intestinal.
- Postbiotiques : Les postbiotiques sont des composés bioactifs produits par l’activité métabolique de micro-organismes probiotiques dans l’intestin.Dazu gehören des acides gras à chaîne courte (comme le butyrate, le propionate et l’acétate), des bactériocines, des enzymes, des vitamines et d’autres métabolites. Ces substances peuvent avoir des effets positifs sur l’hôte, par exemple en soutenant la fonction de barrière intestinale, en exerçant une action anti-inflammatoire et en modulant le système immunitaire.
Par tous ces moyens, tu peux renforcer ta flore intestinale. Le plus simple est probablement d’adapter ton alimentation en augmentant l’apport en fibres. Si tu ne consommes pas encore beaucoup de fibres par jour, augmente idéalement la quantité progressivement, car sinon des ballonnements ou des troubles gastro-intestinaux peuvent survenir. Tu trouveras plus d’informations sur ce sujet dans notre article sur la reconstruction de la flore intestinale.
Le métabolisme du butyrate – non seulement important pour la santé intestinale
Le métabolisme du butyrate fait référence au processus biochimique par lequel certains micro-organismes de l’intestin humain fermentent des glucides non digestibles (en particulier les fibres) et, ce faisant, des acides gras à chaîne courte (AGCC) tels que le butyrate. Le butyrate présente un intérêt particulier, car il a de nombreux effets positifs sur notre santé, notamment la promotion de la santé intestinale, le renforcement de la fonction barrière de l’intestin, des effets anti-inflammatoires et des mécanismes de protection potentiels contre les maladies métaboliques, comme le diabète sucré de type 2.
Production de butyrate dans l’intestin
La production de butyrate a lieu par la fermentation des fibres par des bactéries anaérobies dans le côlon. Ces bactéries, parmi lesquelles des genres comme Faecalibacterium, Eubacterium, Roseburia et Butyrivibrio, utilisent les fibres comme source d’énergie et produisent ainsi des AGCC, y compris le butyrate. Le butyrate sert ensuite de principale source d’énergie aux cellules de la muqueuse intestinale (colonocytes) et soutient leur santé et leur fonction. D’ailleurs, les cellules de la muqueuse intestinale sont les seules cellules de l’organisme qui peuvent utiliser le butyrate comme source d’énergie.
Le savais-tu ?
Tu connais peut-être le « remède miracle pour maigrir » Ozempic, également connu sous le nom de piqûre pour maigrir. En réalité, il s’agit d’un médicament contre le diabète sucré qui imite une hormone de l’organisme. Pour être précis, il s’agit de GLP-1 (glucagon-like peptide-1). Tu en apprendras davantage dans l’article sur la berbérine. Mais revenons au microbiome. Le butyrate produit par les bactéries peut stimuler les cellules L de l’intestin, qui produisent à leur tour l’hormone GLP-1. Ainsi, une alimentation riche en fibres peut, en stimulant la production de butyrate, augmenter indirectement la sécrétion de GLP-1 et avoir ainsi des effets positifs sur le métabolisme du glucose et la régulation de l’appétit.
Berbérine biodisponible avec chrome et zinc dans le complexe minéral Berbersome
Le rôle de Bacillus subtilis
Bacillus subtilis, souvent cité comme bactérie probiotique, joue un rôle quelque peu différent dans le microbiome par rapport aux producteurs directs de butyrate. B. subtilis est une bactérie gram positive vivant dans le sol, que l’on peut également trouver dans l’intestin humain. Elle est connue pour sa capacité à former des endospores robustes, qui lui permettent de survivre à des conditions environnementales difficiles. Bien que B. subtilis ne soit pas directement impliqué dans la production de butyrate, il peut néanmoins avoir des effets indirects sur le métabolisme du butyrate et sur la santé intestinale générale :
- Promotion d’une flore intestinale saine : B.subtilis peut soutenir la croissance et l’activité des bactéries productrices de butyrate dans l’intestin en favorisant la diversité microbienne et l’équilibre écologique.
- Stimulation du système immunitaire : B. subtilis peut moduler la réponse immunitaire et contribuer à l’intégrité de la barrière intestinale, ce qui peut indirectement améliorer l’environnement pour la production de butyrate.
- Concurrence avec les micro-organismes pathogènes : Grâce à ses propriétés antimicrobiennes, B. subtilis peut inhiber la croissance de bactéries nuisibles, soutenant ainsi un microbiote intestinal plus sain qui, à son tour, favorise la production de butyrate.
Toutes ces propriétés ont contribué à ce que B.subtilis soit élue microbe de l’année 2023.
Le microbiome et son rôle dans la longévité
Plus nous vieillissons, plus notre microbiome perd en diversité. D’une symbiose peut, dans le pire des cas, naître une dysbiose. Les modifications du microbiome peuvent être si graves qu’elles ont été reconnues comme l’une des Hallmarks of Aging . Celles‑ci décrivent les changements moléculaires qui accompagnent le vieillissement. L’espoir est que, si nous parvenons à inverser ces Hallmarks, nous pourrons également stopper le vieillissement.
Conclusion
« …un intestin malade est la racine de tous les maux… », le savait déjà Hippocrate. Un intestin intact est extrêmement important pour notre santé et une longue vie. Comprendre la composition moléculaire de la flore intestinale est un défi que nous devons désormais relever. Notre microbiome est un domaine de recherche hautement complexe et passionnant. Grâce aux méthodes plus récentes d’analyse génétique et de protéomique, nous avons fait un pas de plus vers une meilleure compréhension de notre flore intestinale. À l’avenir, une médecine personnalisée pourrait également aller de pair avec le microbiome.
